O Sistema de Débito Directo (SDD) permite o pagamento de propinas, taxas, livros, fotocópias, etc, por débito em conta bancária, com base numa autorização do aluno e numa instrução de cobrança transmitida pelo IESF. O Sistema de Débitos Directos está regulamentado pelo Banco de Portugal. 
 
As vantagens deste sistema sobre os meios de pagamento tradicionais são várias, de entre as quais destacamos a sua comodidade, segurança e controlo da autorização. Os alunos têm apenas de conceder uma autorização aos seus bancos para que estes passem a debitar as suas contas de depósitos pelos montantes que o IESF apresente periodicamente à cobrança, sem quaisquer preocupações de prazos, risco de esquecimento (o que incorreria no pagamento da respectiva multa), ou perdas de tempo para efectuar tais pagamentos. Para iniciar este processo é necessário que o aluno opte por esta forma de cobrança e, conceda uma autorização ao seu banco para que este efectue os débitos que lhe forem apresentados à cobrança pelo IESF, na conta por si indicada. Esta autorização pode ser concedida através do IESF ou através do Multibanco.

O Sistema de Débitos Directos está regulamentado por Aviso do Banco de Portugal, publicado em Diário da República. Entre as garantias dadas ao aluno, o aviso estabelece que este pode anular o débito, junto do seu banco, nos trinta dias seguintes à sua efectivação. Por outro lado na autorização, admite-se que o aluno defina o montante máximo e a data limite para a autorização do Débito Directo.